Inny pogląd głosi, że wysoki poziom estrogenów występujący w trakcie stymulacji jest szkodliwy dla pacjentki i zwiększa ryzyko wystąpienia nowotworów. Jednak poziom estrogenów w trakcie kilkudniowej stymulacji jest tylko kilku- lub kilkunastokrotnie wyższy od poziomu fizjologicznego. W trakcie ciąży, szczególnie w trzecim trymestrze, poziom estrogenów jest dziesięciokrotnie wyższy, a czasami stukrotnie, niż poziom estrogenów w trakcie stymulacji. Gdyby założyć, że wysoki poziom estrogenów jest szkodliwy i powoduje proces onkogenezy (tworzenia się nowotworu), to ciąża dla każdej kobiety byłaby śmiertelna.
Analiza urodzeń oraz rozwoju dzieci po zapłodnieniu pozaustrojowym nie wykazała znaczących różnic w ich rozwoju w stosunku do dzieci u kobiet starających się o ciążę bez zastosowania zapłodnienia in vitro. Ryzyko wad i chorób dla dziecka oraz matki jest związane z długością trwania leczenia niepłodności, więc nie ma związku z zapłodnieniem pozaustrojowym, a w efekcie będzie porównywane z innymi sposobami starań o ciążę, w tym naprotechnologią. To niepłodność jest czynnikiem ryzyka onkologicznego oraz problemem z rozwojem ciąży i powikłań okołoporodowych a nie zapłodnienie pozaustrojowe. W przypadku naturalnych starań około 3 % rodzących się dzieci ma zaburzenia rozwojowe i genetyczne, a więc nie są to rzadkie przypadki. W sytuacji zastosowania zapłodnienia pozaustrojowego lub uzyskania ciąży po bardzo długim czasie starań, odsetek wad będzie wynosić około 3,6 %. Wzrost ryzyka wad może być procentowo znaczący, ale liczbowo jest dość niewielki. Należy pamiętać, że ryzyko wystąpienia wad u dziecka wzrasta wraz z wiekiem matki będącej w ciąży. W przypadku starań bez zastosowania zapłodnienia pozaustrojowego, gdzie okres starań jest wielokrotnie dłuższy i przechodzi w lata, wiek pacjentki będzie wyższy, gdy zajdzie w ciążę. W tej grupie ryzyko wystąpienia chorób u dziecka i matki po leczeniu naprotechnologicznym będzie wyższe.
